Na końcu nawy oszklona krata prowadzi do kaplicy św. Jacka, którą tradycja wiąże z miejscem pobytu w klasztorze założyciela zgromadzeń dominikańskich w Polsce.
Badania jednoznacznie dowiodły jednak, że skrzydło Kaplica św. Jacka zachodnie, którego częścią jest kaplica nie było pierwotnie nie planowane i powstało najprawdopodobniej dopiero w końcu XIV wieku. Około 1634 roku fragment tego skrzydła przekształcono na kaplicę i nadano jej imię świętego.
Ściany ozdabiają liczne obrazy, wśród których zwraca uwagę, zawieszone nad skromnym ołtarzem przedstawienie św. Jacka w chwili gdy objawia mu się Matka Boska z Dzieciątkiem. Obraz namalowano w 1673 roku i jest wierną kopią późnogotyckiego dzieła, które przechowywane jest w rodzinnej miejscowości św. Jacka Odrowążu (na trasie Skarżysko-Kamienna Końskie).
Według opowieści starszych mieszkańców Sandomierza pod posadzką kaplicy ukryto przed Niemcami w czasie II wojny światowej część bogatych zbiorów muzealnych, które przetrwały ciężkie chwile okupacji.