Poniżej przedstawiamy przewodnik po nawach bocznych Kościoła.

Nawa północna

Kierując się w lewo nawą północną, zatrzymujemy się przed Kaplicą Męczenników Dominikańskich ufundowaną ok. 1600 roku przez Teofila Szemberka z Reichenbachu generała artylerii króla Zygmunta III Wazy.

Nawa główna

Po zapoznaniu się z zabytkami prezbiterium, kilka chwil spędzamy w nawie głównej gdzie po stronie zachodniej dominuje chór muzyczny wybudowany ok. 1776 roku. Nad nim w zrekonstruowanych otworach okiennych umieszczono na początku XX wieku zespół 4 witraży przedstawiających (od lewej): Adelajdę fundatorkę pierwszego kościoła, błogosławioną Kingę żonę księcia Bolesława Wstydliwego, księżnę Salomeę córkę księcia Leszka Białego i błogosławioną Jolantę żonę Bolesława Pobożnego księcia kaliskiego. Pod chórem białe rzeźby Ś. Ś. Jacka i Czesława fundował ks. M. Buliński, a wykonano je w 1878 r. już po jego śmierci.
Z czasów odrodzenia pochodzą płyty nagrobne w podchórzu. Pierwsza poświęcona rodowi Boguckich powstała w 1535 roku, a nagrobek nieznanego rycerza w ciekawej półleżącej pozycji pochodzi z II połowy XVI wieku.

Nawa południowa

Przechodzimy teraz nawą południową, której mury ozdabiają pochodzące z różnych epok epitafia i płyty nagrobne. Najstarsza płyta tuż przy wejściu do kaplicy św. Jacka pochodzi z XIV wieku, i poświęcona została Janowi z Ostroroga zmarłemu w 1427 roku.