Przy południowej ścianie prezbiterium ustawiono barokowy sarkofag księżnej – Adelajdy Domicelli

wykonany w 1676 roku z jednego kawałka drzewa dębowego. W dolnej części cztery lwy podtrzymują na grzbietach sarkofag z postacią księżnej, a całość posiada bogatą dekorację roślinną i heraldyczną. Do 1670 roku grób fundatorki pierwszego kościoła św. Jakuba znajdował się na środku nawy głównej. W XIX wieku wspomniany już ksiądz M. Buliński dostał się do wnętrza dębowego sarkofagu i dzięki ofiarności wiernych zakupił w Warszawie mosiężną trumienkę do której przełożono doczesne szczątki księżnej.
Ołtarz przy którym sprawowana jest obecnie eucharystia jak i oświetlające nawy żyrandole zaprojektował prof. Wiktor Zin znany szczególnie z prezentowanych w telewizji w latach 70-tych programów z cyklu “Piórkiem i węglem”.

Epitafia i płyty pamiątkowe

Przy wejściu na dzwonnicę dużych rozmiarów epitafium pamiątkowe wspomina ks. Melchiora Bulińskiego dobroczyńcę kościoła, niezapomnianego badacza i miłośnika zabytków Sandomierza. Obok wdzięczni sandomierzanie ufundowali płytę pamiątkową gen. Michałowi Sokolnickiemu, który szacowną świątynię i całe miasto bronił przed Austriakami w 1809 roku.

Szczątki kostne

Ustawiona na posadzce gablota prezentuje szczątki kostne wydobyte z dawnych krużganków klasztornych w latach 1959-60, noszące ślady zadanej gwałtownej śmierci (odcięta potylica, nacięcia trzonu kręgu szyjnego) i mimo sprzeciwu wielu badaczy tradycyjnie identyfikowane z pochówkiem 49 zakonników po drugim najeździe tatarskim w 1260 roku.